Trên đảo Hakodate, Conan và nhóm thám tử nhận được thông báo từ Kaito Kid về mục tiêu mới của hắn tại phòng chứa đồ của Axie Zaibatsu. Mục tiêu lần này là một thanh kiếm Nhật quý giá liên quan đến Toshizō Hijikata, phó chỉ huy của Shinsengumi thời Edo. Trong khi Kid đang theo đuổi Big Jewel, lý do hắn nhắm đến thanh kiếm cổ này là điều bí ẩn mà Conan và nhóm thám tử cần phải giải mã để ngăn chặn âm mưu của tên trộm tài ba này.
