Trong phần 2 của phim Mật mã vệ binh, Megabyte, Hexadecimal và tên Pháp Sư độc ác tiếp tục gây rối và thách thức nhóm Vệ binh mới. Thế hệ Vệ binh mới sẽ phải đối mặt với hàng loạt mối đe dọa nguy hiểm và cả những bất ngờ lớn. Ty Wood, Ajay Friese và Gabriel Darku cùng với các thành viên khác của nhóm Vệ binh mới sẽ phải sử dụng kiến thức công nghệ cao và kỹ năng chiến đấu để bảo vệ trái đất khỏi những kẻ xâm nhập xấu xa. Câu chuyện tiếp tục mang lại những trận đấu căng thẳng, hồi hộp và kịch tính khi các Vệ binh mới không chỉ phải chiến đấu với các kẻ thù mạnh mẽ mà còn phải tìm cách giữ được sự đoàn kết trong nhóm.
